Метагеномическое секвенирование дробовиков позволяет исследователям всесторонне пробовать все гены во всех организмах, присутствующих в данном сложном образце. Этот метод позволяет микробиологам оценивать разнообразие бактерий и обнаруживать обилие микробов в различных средах. Метагеномика дробовиков также предоставляет средства для изучения некультурных микроорганизмов, которые в противном случае трудно или невозможно анализировать. В отличие от капиллярного секвенирования или основанных на ПЦР подходов, секвенирование следующего поколения (NGS) позволяет исследователям последовательно отслеживать тысячи организмов. Благодаря возможности комбинирования множества выборок в одном сеансе секвенирования и получения покрытия с высокой степенью охвата на образец, метагеномное секвенирование на основе NGS может обнаруживать очень малочисленных членов микробного сообщества, которые могут быть пропущены или слишком дороги для идентификации с использованием других методов. Секвенирование 16S рРНК - еще один метод, используемый для исследований метагеномики.
