Секвенирование APERIOMICS

Тема в разделе "Секвенирование ДНК", создана пользователем Василий, 20 дек 2017.

  1. Василий

    Василий Active Member

    Сообщения:
    514
    Адрес:
    Россия г.Москва
    Метагеномное секвенирование ДНК и РНК

    всем на заметку!
    есть способ доставить биоматериал из России в США на секвенирование в aperiomics.
    Группа с анг. форума делает секвенирование плазмы, набирают людей.

    Цена вопроса на данный момент со скидкой в $200 получается $1500, без скидки $1700, начинали они с 1200$, но теперь подняли.


    Принимают любой биоматериал в принципе, но их директор посоветовала плазму.

    поправка - 1500$ это за РНК и ДНК, по отдельности цена - ДНК - $700, РНК - $1000.


    HOME PAGE:

    https://aperiomics.com
     
    Последнее редактирование: 11 янв 2018
  2. Хлеб

    Хлеб Administrator

    Сообщения:
    2.983
    В каком виде они предоставляют результат? Кто-нибудь с англ. группы делал?
    Нам нужно знать количество найденного в биоматериала.
    Если они делают не шотганметагеномное, то это будет список микробов, которые есть в биоматериале (если они делают стандарт). Без количества.
    Что с этим потом делать?
     
  3. Василий

    Василий Active Member

    Сообщения:
    514
    Адрес:
    Россия г.Москва
    Пример результатов анализа из aperiomics
     

    Вложения:

    • Results (5).pdf
      Размер файла:
      110,6 КБ
      Просмотров:
      43
  4. Хлеб

    Хлеб Administrator

    Сообщения:
    2.983
    Как-то не густо.
     
  5. Хлеб

    Хлеб Administrator

    Сообщения:
    2.983
    Биопсию бы из нескольких мест, а не кровь, мочу и кал.
     
  6. Василий

    Василий Active Member

    Сообщения:
    514
    Адрес:
    Россия г.Москва
    Иностранцы сдавали слюну и мочу. Теперь им предложили плазму крови сдавать.
    Почему именно биопсию? если заражение идет через слюну и другие жидкости, значит в них тоже оно есть.
     
    Lexa нравится это.
  7. Lexa

    Lexa Active Member

    Сообщения:
    822
    Адрес:
    mars
    Сообщение с ихнего форума свежее
    ...
    Я женщина и испытываю почти все симптомы, которые вы испытываете, кроме того, что вместо белого языка у меня синдром сжигания рта [​IMG]. Это было очень плохо. Я не могу позволить себе секвенирование ДНК и РНК, поэтому я поговорил с Chrystal at Aperiomics, и она сказала, что возможно узнать, какой у меня патоген, если я делаю только ДНК за 500 долларов. Надеюсь, мы сможем получить ответы. Она также сказала мне, что в четырех экземплярах, которые они собирали у людей с такими же симптомами, они заметили грибы и паразиты. (Я думаю, это хорошая новость, что у нас нет вируса)
     
    Василий нравится это.
  8. Василий

    Василий Active Member

    Сообщения:
    514
    Адрес:
    Россия г.Москва
    В их базе нет нашего патогена. Иностранцы сдавали пока общего нет, сейчас планируют поиск делать неизвестных патогенов.
     
    Mark нравится это.
  9. Василий

    Василий Active Member

    Сообщения:
    514
    Адрес:
    Россия г.Москва
    http://aperiomics.com/. В базе у них 33,000 организмов, с заграницей работают. Присылают материалы для доставки проб в том числе для биопсии вместе с обратным конвертом, обратно идет день (FedEx Overnight). Кровь больше не делают, только плазму, для этого надо будет чтоб какая-то лаборатория отцентрифужила вашу кровь или своя центрифуга-сепаратор. Слюну берут мазком, но под оптовый заказ могут работать с клиентом над альтернативными методами.
     
  10. Imya Otchestvo

    Imya Otchestvo Member

    Сообщения:
    34
    Адрес:
    Moscow
    Там именно шотган. Предоставляют не только выписку по найденным микроорганизмам, но RAW data, если попросить. https://github.com/undiagnosed/metagenomics/wiki Здесь народ выкладывает результаты и ищет пересечения. http://forums.phoenixrising.me/index.php?threads/peer-to-peer-metagenomics-investigation.55756/ здесь обсуждение. undiagnosed - программист толковый и сам вроде писал прогу по анализу raw
     
    Lexa и Василий нравится это.
  11. Mark

    Mark Active Member

    Сообщения:
    129
    Адрес:
    Москва
    ...и всё? Больше нет новостей?
     
    Mila нравится это.
  12. serg28

    serg28 Administrator

    Сообщения:
    1.613
    Адрес:
    Санкт-Петербург
    Болен:
    с 91 г.
    выборка из 12-ти результатов
    это топ 5 отсортировано по среднему значению
    genus ……………..species… Max…. Min….. Ave...….. Median
    Cutibacterium [Propionibacterium] namnetense 0.115768944 0 0.022479734 0.007703724
    Malassezia Malassezia restricta 0.039071745 0 0.011190527 0.007251251
    Mycobacterium Mycobacterium mucogenicum 0.025074033 0 0.006062279 0.00165826
    Corynebacterium Corynebacterium pseudogenitalium 0.018391565 0 0.005493229 0.002049964
    Novosphingobium Novosphingobium sp. AAP93 0.05812906 0 0.005461737 0.00018575
    это топ 5 по медиане
    Cutibacterium [Propionibacterium] namnetense 0.115768944 0 0.022479734 0.007703724
    Malassezia Malassezia restricta 0.039071745 0 0.011190527 0.007251251
    Corynebacterium Corynebacterium pseudogenitalium 0.018391565 0 0.005493229 0.002049964
    Mycobacterium Mycobacterium mucogenicum 0.025074033 0 0.006062279 0.00165826
    Corynebacterium Corynebacterium tuberculostearicum 0.009862026 0 0.003333954 0.00163168
     

    Вложения:

    Василий и Mark нравится это.
  13. Mark

    Mark Active Member

    Сообщения:
    129
    Адрес:
    Москва
    Это твое?
    Нового ничего не нашли?
    Расшифруй пож. для простых граждан)
     
  14. serg28

    serg28 Administrator

    Сообщения:
    1.613
    Адрес:
    Санкт-Петербург
    Болен:
    с 91 г.
    12 сдач, 10 чел
    выборка по максимому
    цифры в каше
    вот так народ скидывает криво, скинули мне так
    пробелы между цифрами - разделяет цифры
    над названиями шапка таблицы
    правда там криво
    тот кто это скидывал мне, на форуме писать вообще не хочет
     
  15. Василий

    Василий Active Member

    Сообщения:
    514
    Адрес:
    Россия г.Москва
    Ты скинь сюда pdf
     
  16. serg28

    serg28 Administrator

    Сообщения:
    1.613
    Адрес:
    Санкт-Петербург
    Болен:
    с 91 г.
    скинул
     
  17. Василий

    Василий Active Member

    Сообщения:
    514
    Адрес:
    Россия г.Москва
    Увидел, спасибо)
     
  18. Mark

    Mark Active Member

    Сообщения:
    129
    Адрес:
    Москва
    Так народ сам так не разберётся. Не просто так же такие дорогие анализы делали
     
  19. Mark

    Mark Active Member

    Сообщения:
    129
    Адрес:
    Москва
    И мне пдф скинь
     
  20. serg28

    serg28 Administrator

    Сообщения:
    1.613
    Адрес:
    Санкт-Петербург
    Болен:
    с 91 г.
    так скинул уже
    выше смотри , где список зараз.
    там вложен пдф
     

Поделиться этой страницей

Яндекс.Метрика